Los reptiles se dividen en cuatro órdenes:
Testudines ó quelonios _(tortugas y galápagos) Son reptiles caracterizados por tener un tronco ancho y corto, y un caparazón o envoltura que protege los órganos internos de su cuerpo.
Crocodylia_(cocodrilos, aligátores y gaviales) Son los reptiles actuales más grandes. Su cuerpo es alargado, tienen grandes mandíbulas y se desplazan arrastrando su barriga sobre la superficie del suelo.
Rhynchocephalia_(tuátaras) Son un orden de reptiles que incluye un solo género actual, con tres especies, conocidas con el nombre común de tuátaras, limitadas a Nueva Zelanda.
Squamata_(escamosos) Son un orden de reptiles que incluye los lagartos, camaleones, iguanas y formas afines, las serpientes y las culebrillas ciegas. Son también los reptiles actuales que han alcanzado mayor éxito ecológico y los que más especies incluye, con más de 5.000.
Los pulmones de los reptiles son esponjosos y tienen mayor superficie para intercambio de gases que los anfibios. Estos son porque la mayoría de los reptiles no puede intercambiar gases a través de la piel, como hace la mayoría de los anfibios de piel húmeda.
Varias especies de cocodrilos también poseen repliegues cutáneos que separan la boca de los conductos nasales, así respiran por las fosas nasales mientras tienen la boca abierta. Para intercambiar gases con el medio ambiente, los reptiles poseen dos pulmones funcionales o bien, en el caso de ciertas especies de serpientes solo uno.
La mayor parte de los reptiles son carnívoros, la digestión es más lenta que en los mamíferos, lo que refleja su lento metabolismo durante el reposo y su incapacidad para dividir y masticar sus alimentos. Este metabolismo tiene requerimientos de energía muy bajos, permitiendo que los grandes reptiles, como los cocodrilos y las grandes serpientes constrictoras puedan vivir de una comida grande por meses, digiriendo lentamente a una presa de gran tamaño.
En comparación con muchos anfibios, los reptiles con patas tienden a tener extremidades más grandes y fuertes que les permiten caminar, correr, excavar, nadar o trepar. Además, las patas de algunos reptiles están más por debajo del cuerpo que en los anfibios, lo que les permite cargar más pesos. Igual que en los anfibios, la espina dorsal de los reptiles ayuda a realizar gran parte del movimiento.
Todos los reptiles se reproducen por fertilización interna, donde el macho deposita su esperma en el interior del cuerpo de la hembra. Casi todos los reptiles machos poseen un órgano semejante al pene que les permite depositar el esperma en el cuerpo de la hembra. Después de la fecundación, el aparato reproductivo de la hembra cubre a los embriones con varias membranas y un cascarón correoso.
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